定制化的MES系統(tǒng)實施總過程，一般主要包括需求調(diào)研、MES系統(tǒng)定制開發(fā)、實施、試運行等幾個主要階段和步驟，MES系統(tǒng)實施是一個系統(tǒng)性、集成化的大工程，想要成功實施MES系統(tǒng)，就要在每一個MES系統(tǒng)實施階段都謹慎行事。
MES系統(tǒng)需求調(diào)研階段
在這個階段，定制MES系統(tǒng)供應商需要輔助企業(yè)用戶對車間的業(yè)務流程進行合理改善，優(yōu)化部門組織管理結(jié)構(gòu)和業(yè)務管理流程；減少無增值的管理流程和職責崗位，合理分工、明確職責；明確MES系統(tǒng)項目時間計劃安排、軟硬件配置要求、數(shù)據(jù)準備要求等內(nèi)容，為MES系統(tǒng)項目的執(zhí)行、實施奠定總基調(diào)。
同時，還需要對MES系統(tǒng)的具體的現(xiàn)場數(shù)據(jù)采集手段，以及與實際企業(yè)其他現(xiàn)有系統(tǒng)集成方式進行定義，項目實施資金落實計劃。
MES系統(tǒng)定制開發(fā)階段
最重要的是明確所需要定制的MES系統(tǒng)功能模塊，從而避免引起不必要的返工問題；同時要嚴格按照MES系統(tǒng)項目計劃執(zhí)行，準備基礎(chǔ)數(shù)據(jù)、搭建網(wǎng)絡環(huán)境、服務器環(huán)境、硬件環(huán)境等系統(tǒng)運行的基礎(chǔ)環(huán)境，待定制并測試完成可以進行現(xiàn)場調(diào)試。不至于拖延MES系統(tǒng)開發(fā)工期；在MES系統(tǒng)研發(fā)過程中，細節(jié)方面要注意系統(tǒng)研發(fā)標準、界面風格要統(tǒng)一，注意細節(jié)設計。
MES系統(tǒng)實施階段
MES系統(tǒng)實施階段，主要工作是：做好數(shù)據(jù)遷移和MES系統(tǒng)驗證工作，配合企業(yè)用戶制定和發(fā)布需要的制度和規(guī)范；其中要特別重視知識的轉(zhuǎn)移，重點抓好MES系統(tǒng)使用培訓和不同用戶對于MES系統(tǒng)應用方式的掌握；對于有關(guān)MES系統(tǒng)內(nèi)部功能、設計的返工的問題，要進行全盤考慮，充分測試，盡量減少出現(xiàn)關(guān)聯(lián)BUG。
MES系統(tǒng)試運行階段
MES系統(tǒng)試運行中，可以適當減少業(yè)務數(shù)據(jù)，從而減少試運行的工作量；其中最重要的是要注意系統(tǒng)切換的平穩(wěn)性。在系統(tǒng)切換過程中，要做周密的計劃，甚至進行切換模擬，避免影響用戶業(yè)務的開展；試運行可能會導致現(xiàn)場的操作員工出現(xiàn)情緒化，要多從用戶的角度出發(fā)考慮問題。
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